茜草科，19世纪中期开始，上述传统观点受到多数分类学家的怀疑，他们一致认为本科应与马钱科(Loganiaceae) 关系最为密切。
持这一观点的分类学家认为，二者除外部形态上的一般特征（如单叶对生；
通常有托叶；
花冠合瓣，通常辐射对称；
雄蕊与花冠裂片同数而互生）相似以外，在一些更为重要的特征上有明显的共同性，如核型胚乳；
导管有单穿孔板；
托叶里面有多细胞粘液毛；
植物体常含生物碱，特别是吲哚类生物碱，二者中有不少属种是铝 (aluminum) 的累积者；
花粉壁的构造有共同性；
染色体基数通常为11（茜草科有不少例外）。
上述共同特征的存在，无疑使这一观点得到有力的支持。
不过不少分类学家都认为强调茜草科与马钱科的密切关系，并非完全否定它与忍冬科也有亲缘关系，这一论点得到了血清学研究结果的有力支持。
