鸡冠眼子菜，多年生水生草本，通常在开花前全部沉没水中。
无明显的根状茎。
茎纤细，圆柱形或近圆柱形，直径约0.5毫米，近基部常匍匐地面，于节处生出多数纤长的须根，具分枝。
叶两型；
花期前全部为沉水型叶，线形，互生，无柄，长2.5-7厘米，宽约1毫米，先端渐尖，全缘；
近花期或开花时出现浮水叶，通常互生，在花序梗下近对生，叶片椭圆形、矩圆形或矩圆状卵形，稀披针形，革质，长1.5-2.5厘米，宽0.5-1厘米，先端钝或尖，基部近圆形或楔形，全缘，具长1-1.5 厘米的柄；
托叶膜质，与叶离生。
休眠芽腋生，明显特化，呈细小的纺锤状，长1.5-3厘米，下面具3-5枚直伸的针状小苞叶。
穗状花序顶生，或呈假腋生状，具花3-5轮，密集；
花序梗稍膨大，略粗于茎，长0.8-1.5厘米；
花小，被片4；
雌蕊4枚，离生。
果实斜倒卵形，长约2毫米，基部具长约1毫米的柄；
背部中脊明显成鸡冠状，喙长约1毫米，斜伸。
花果期5-9月。
