丽江蓟，多年生草本，高70-120厘米，上部分枝，全部茎枝有条棱，被蛛丝毛或下部被多细胞长节毛，上部或接头状花序下部的蛛丝毛稠密。
下部茎叶大，全形椭圆形，长50-60厘米，宽18-24厘米，二回羽状分裂，一回为深裂，一回侧裂片10-11对，基部侧裂片小，边缘2-5个刺齿，顶端有针刺，二回为浅裂，二回侧裂片三角状或三角状披针形，1-2对，不等大，通常集中于一回侧裂的基部，基部两侧通常有1个三角刺齿，齿顶有针刺，二回顶裂片长披针形，边缘有1-2个针刺，顶端有针刺，全部针刺长4-12毫米；
向上的叶渐小，羽状半裂，基部扩大耳状半抱茎，侧裂片等大或几等大二叉式深裂或几全裂，但并不能使整个叶片呈现明显的二回羽状分裂状态，叉裂的裂片或裂齿披针形，顶端急尖，有针刺。
全部叶两面异色，上面绿色或淡绿色，被稀疏或极稀疏或稠密的贴伏的针刺，针刺长0.3-1毫米，下面灰白色，被密厚的绒毛。
头状花序棉球状，下垂，在茎枝顶端排成总状或总状圆锥花序。
总苞直径4-5厘米。
总苞片约7层，向内层渐长，但为镊合状排裂或至少不呈明显的覆瓦状排列，外层与中层三角状钻形、披针状钻形至长椭圆状钻形，长2.2-2.5厘米，钻状部分长1-1.2厘米，顶端成针刺，内层及最内层长达3.8厘.米，线钻形。
小花红紫色，花冠长2.9厘米，细管部长1.9厘米，檐部长1厘米，5浅裂。
瘦果褐色，楔状长椭圆形，长5毫米，宽2毫米，顶端截形。
冠毛浅褐色，多层，基部连合成环，整体脱落；
冠毛刚毛长羽毛状，长2厘米，顶端纺锤状扩大。
花果期6-8月。
