昌都马先蒿，多年生草本，低矮，高仅达9厘米，干时变黑。
根茎粗短，下方发出多条圆柱形而伸长的支根，端有宿存的老叶柄。
茎多条或少数，常弯曲上升，下部有较疏而上部有较密的毛。
叶基生和茎生，基生者有长柄，柄长达4厘米，无毛，仅近基处有疏毛，叶片长圆状椭圆形至椭圆形，长3厘米，宽16毫米，羽状全裂，裂片4-5对，卵状椭圆形，基部楔形，缘有缺刻状小裂片，裂片亦有少数圆齿，茎生者柄较短，对生，叶片与基生者同，但裂片较少。
花序短或多少伸长，下部的花常疏距，上部者较密集，数目不多；
萼长9-11毫米，有长而疏的毛，管几与齿等长，齿5枚，后方1枚较小，都有柄，长圆形，端有时强烈膨大，叶状多裂；
花紫红色，盔部色较深而喉色浅，管长16毫米，宽3毫米，外面稍有毛，约在中部稍上处向前作镰状弓曲，并向喉部渐渐扩大，盔约与管的上部等粗，长9毫米，近基处稍稍较竟，仅作极微的弓曲或几乎伸直，额圆钝，在下缘近端处有明显的小齿1对，下唇稍长于盔，长11毫米，宽约相等，裂片均为长圆形，中裂略较小；
雄蕊花丝前方1对有毛，后方1对光滑。