短茎马先蒿，多年生草本，草质，干时略变黑色。
根多数，有时有分枝，多少纺锤形，肉质，粗者径达6厘米，自短而弯曲的根茎上发出，根茎上方在强大的植株中分枝，发出茎2-4条，在新生的植株中茎单一，基部被有披针形至卵形的黄褐色膜质鳞片及枯叶柄，不发达，细弱而短，长3-6厘米，为多数叶柄与花梗所蔽而不显著，有毛。
叶有长柄，软弱而铺散地面，叶柄下半部扁平而薄，在中肋两旁有膜质之翅，中部以上渐厚而为绿色而草质，长约5.5厘米，最长者可达9厘米，密被短柔毛；
叶片长圆状披针形，长7-10厘米，宽2-2.5厘米，上面有疏长之毛，下面沿脉有锈色短毛，羽状全裂，裂片卵形，每边约8-14个，羽状深裂，小裂片每边2-4枚，或有缺刻状重锯齿，齿端有尖刺状胼胝。
花腋生，具有长梗，梗长可达6.5厘米，细柔弯曲，被有长柔毛；
花大，长约3-3.5厘米，浅紫红色；
萼圆筒形，前方不裂，长约1.2-1.8厘米，被长柔毛，主脉5条不显著而网脉则很显著，齿5枚，长于萼管或略相等，中部狭细，基部三角状卵形而连于管，上部作卵状披针形的膨大而有细锐的锯齿；
花冠之管伸直，下部圆筒状，近端处稍扩大，略长于萼或为它的一倍半，无毛，下唇很大，稍长于盔，以锐角伸展，裂片圆形，几相等，中裂两侧略迭置于侧裂之下；
盔长约13毫米，作镰形弓曲，盔端尖而顶端微钝，指向前上方；
花丝两对均被长毛；
花柱稍伸出于盔端以下的前缘。
蒴果卵圆形，稍扁平，顶端有偏指下方的凸尖，长约13毫米，全部为膨大之宿萼所包裹。
