鹤庆马先蒿，低矮多年生草本，高约5-12厘米，干时变黑。
根束生，纺锤形，长6-8厘米；
根颈有许多鳞片脱落痕迹。
茎单条或多条，不分枝，草质，基部有1-2层卵形或卵状披针形的膜质鳞片，有纵纹，被有锈色长柔毛，但不成毛线。
叶几全部为基出，具长柄，柄长约3-4厘米，扁平，沿中肋两侧具狭翅，翅常皱缩反卷，除边缘被有锈色长毛外无毛或有疏毛，叶片长圆状披针形至线状披针形，长约3-5.5厘米，宽6-11毫米，上面几无毛，下面有相当密的白色肤屑状物，有时更有疏密不等的锈色糠粃状物，缘羽状全裂，裂片每边约10-20枚，初时甚相靠近，其边缘互相盖迭，叶老时间距渐大，卵形至长卵形，边缘有羽状浅裂或缺刻状齿，小裂片或齿有锯齿，齿常反卷。
花序总状顶生，短而多少头状，长约4-5厘米；
苞片下部者叶状，上部者柄变宽而多少匙形，被长柔毛，前端多少卵形，羽状浅裂至半裂；
花梗长达10-15毫米，纤细，密被锈色长毛；
萼圆筒形，长约10-15毫米，被长柔毛，前方稍开裂，厚膜质而不很透明，主脉5条，粗壮，次脉5-7条，较细而清晰，齿5枚，不等，后方1枚较小，但形状相同，基部均三角形全缘，中部细缩成宽柄状，上部叶状膨大，卵形，三裂，裂片有锯齿，齿常反郑；
花冠黄色，喙则紫色，长30-35毫米，花管伸直，外面无毛，长12-22毫米，上部不扩大，盔直立部分很长，前缘约高7毫米，向上即多少镰状弓曲向前上方成为含有雄蕊的部分，长约6-7毫米，略略膨大，前方突然狭细成1指向前下方的短喙，长仪2-2.5毫米，顶端有不清晰细齿1-2枚，下唇与盔等长或稍长，约11毫米，宽达16毫米，无缘毛，开裂几至一半，中裂较小，圆形，仅稍稍凸出，长约6毫米，宽5.5毫米，基部狭缩为短柄，侧裂多少菱状椭圆形而斜，外方宽楔形，长9毫米；
雄蕊着生于花管近基处，前方一对花丝密生长毛；
柱头微伸出。
果实未。
花期6月。
