南艾蒿，多年生草本，植株有香气。
主根稍明显，侧根多；
根状茎短，常具匍匐茎，并有营养枝。
茎单生或少数，高50-100厘米，具纵棱，中上部分枝，枝长5-6(-8)厘米，斜向上贴向茎部；
茎、枝初时微有短柔毛，后脱落无毛。
叶纸质，上面浓绿色，近无毛，被白色腺点及小凹点，干后常成黑色，背面除叶脉外密被灰白色绵毛；
基生叶与茎下部叶卵形或宽卵形，一至二回羽状全裂，具柄，花期叶均萎谢；
中部叶卵形或宽卵形，长5-10(-13)厘米，宽3-8厘米，一（至二）回羽状全裂，每侧有裂片3-4枚，裂片披针形或线状披针形，稀线形，长3-5厘米，宽3-5毫米，先端锐尖，不分裂或偶有数枚浅裂齿，边反卷，叶柄短或近无柄；
上部叶5-3全裂或深裂；
苞片叶不分裂，披针形或椭圆状披针形。
头状花序椭圆形或长圆形，直径2-2.5毫米，无梗，直立，在分枝上排成密或疏松的穗状花序，而在茎上组成狭而长或为中等开展的圆锥花序；
总苞片3层，覆瓦状排列，外层总苞片略小，卵形，背面初时微有蛛丝状柔毛，后脱落无毛，边缘狭膜质，中层、内层总苞片长卵形或椭圆状倒卵形，背面无毛，边缘宽膜质或全为半膜质；
雌花3-6朵，花冠狭管状，檐部具2裂齿，紫色，花柱长，伸出花冠外，先端2叉，叉端尖；
两性花8-18朵，花冠管状，檐部紫红色，花药线形，上端附属物尖，长三角形，基部钝，花柱与花冠等长，先端2叉，叉端扁，扇形，有睫毛。
瘦果小，倒卵形或长圆形，稍压扁。
花果期7-10月。
