旌节马先蒿，多年生直立草本，干时不变黑色，无毛或有极疏的细毛，高达60厘米，基部常有宿存的老叶柄。
根粗线状，长而细，丛生。
茎单一或偶有2条，仅下部有叶，上部长而裸露，作花葶状。
叶基生者宿存而成丛，具有长柄，柄长达16厘米，两边常有狭翅；
叶片倒披针形至线状长圆形，长达30厘米，宽达4厘米，下半部多羽状全裂，裂片小而疏距，上半部多羽状深裂，裂片连续而轴有翅，裂片每边7-17枚，互生，下部者三角状卵形，上部者椭圆状卵形至长圆形，长达2厘米，本身亦作羽状浅裂或具缺刻状重锯齿，齿上常有白色胼胝，茎生叶仅1-2枚，有时3枚作假轮生，形状与基出叶同而较小。
花序生于茎的顶部，在开花后期相当伸长，可达20厘米以上，此时花的假对或假轮常远距，但常只生少数花而短；
花一般均为假对生或假轮生，极少有完全互生者；
苞片宽卵形，基部圆形，多互相迭生，锐头至微钝，沿缘有美丽的紫色细网脉；
花萼钟形，长达1-1.5厘米，齿5枚，三角状卵形至狭长卵形，缘有明显的锯齿，具有与苞片同样的网脉，长达5毫米；
花冠黄色，在上下唇的尖端有时有紫红色晕，长达3.8厘米，一般较小，管长约15毫米，粗壮，上部渐渐扩大，下唇依伏于上唇，几不开展，在芽中包裹上唇，裂片3枚圆形，边椽重迭，盔作镰状弓曲，粗壮，顶圆端微尖，下缘尤其近端处有长而密的须毛；
雄蕊花丝两对均在近基处有微毛；
子房无毛，花柱不伸出。
蒴果大，略侧扁，几为圆形，或宽倒卵形，长2厘米，端有钩曲的凸尖，大部为苞片与宿萼所包裹；
种子为三角状的不整齐肾脏形，有排列整齐的网纹，长达2.7毫米。
