哈巴山马先蒿，多年生草本，多低矮，干时变黑。
根茎粗短，长可达3厘米，有时分枝，下部发出1-数条肉质纺锤形的根，长7-13厘米，有时分枝。
茎单条或数条，直立，不分枝，常有成线的毛，高3.5-15厘米，有疏叶。
叶多基生，有长柄，柄长25-40 毫米，肉质，无毛；
叶片长30-40毫米，宽约10毫米，线状至椭圆状长圆形，羽状全裂，裂片9-10对，最近基的一二对很小，三角形，向上渐大，长达5毫米，宽3-4 毫米，多少卵状长圆形，基部很宽，缘羽状浅裂，小裂片卵形钝头，有锐齿，茎生叶互生，少数，与基生叶相似而柄较短。
花序顶生而极密；
苞片下部者线状，基部膨大，上部者3裂而短于花；
花梗极短或无；
萼长10-12毫米，主脉5条，相当粗壮凸起，次脉6-7条，较细，上部有极少的支脉串连，但不成网，齿5枚，约长3毫米，后方1枚针形，其余4枚稍较长，端膨大有缺刻状齿，缘有长毛；
花冠红色，管长约12毫米，端稍稍扩大，宽达3.5毫米，盔长约相等，自管基至盔的后顶全部微作镰状弓曲，其最向后凸出处则在两者相接处，而两者自身几不很显弓曲，盔的前缘中部以下向前膨月鼓，宽达4.5毫米，上部较狭，顶圆形，前缘至近顶向前凸出而后再形成截形而凸出的喙状尖端，在其下角有小齿1对或有时缺失，下唇很短，常因花的俯垂而向前下方开展，中裂很小，长竟均约2毫米，侧裂大很多，圆卵形，端平而微凹，长达6毫米；
雄蕊着生于花管下部1/3处，前方1对花丝有密毛；
花柱丝状，常伸出。
花期7月。