云南鸢尾，多年生草本，植株基部有数枚鞘状叶及老叶残留的纤维。
根状茎斜伸，直径约5毫米，棕褐色，包有红褐色的老叶残留纤维，须根黄白色，有皱缩的横纹。
叶条形，黄绿色，长20-50厘米，宽4-7毫米，顶端渐尖，基部鞘状，无明显的中脉。
花茎光滑，黄绿色，高15-45厘米，直径2-3毫米，有1-3枚茎生叶；
苞片3枚，膜质，绿色，上部略带红紫色，披针形，长5.5-7厘米，宽1-1.2 厘米，顶端长渐尖或延伸呈叶片状，内包含有1-2朵花。
花黄色，直径6.5-7厘米；
花梗长3.5-5厘米；
花被管漏斗形，长约1.3厘米；
外花被裂片倒卵形，长约6.5厘米，宽约2.5厘米，有紫褐色的条纹及斑点，爪部狭楔形，中部下陷呈沟状，无附属物，内花被裂片直立；
雄蕊长约3厘米，花药褐黄色，花丝与花药近于等长；
花柱分枝淡黄色，长4-4.5厘米，宽1.4-1.6厘米，顶端裂片钝三角形，子房绿色，三棱状圆柱形，长约2厘米。
蒴果钝三棱状椭圆形，长4-4.5厘米，直径. 1.5-1.8厘米，有短喙，6条肋明显，室背开裂；
种子扁平，半圆形。
花期5-6月，果期7-8月。
