吉尔吉斯岩黄芪，多年生草本，高15-30厘米。
根为直根，稍木质化。
茎直立，多数或丛生，被短柔毛，不分枝或具1短小分枝。
叶长6-12厘米，托叶披针形，合生至上部，外部疏柔毛，先端钝头。
叶轴被短柔毛；
叶长9-15，披针形或长圆状披针形，近无柄，小叶片长19-25毫米，宽5-7毫米，先端尖，具短尖头，基部圆形，上面无毛，下面被短柔毛。
总状花序腋生，长5-10厘米，明显超出叶，花序轴和总花梗被灰白色短柔毛；
花15-20朵，长18-20毫米，外展，具2-3毫米长的花梗；
苞片披针形，稍长于花梗，被柔毛；
萼钟状，被柔毛，萼筒长3-4毫米，萼齿狭披针形，稍长于萼筒或为萼筒的1.5倍，上萼齿稍短于下萼和侧萼齿；
花冠紫红色，旗瓣倒卵形，长14-15毫米，翼瓣线形，等于或稍长于旗瓣，龙骨瓣长于旗瓣约2毫米；
子房线形，初花期无毛，花后期被短柔毛，胚珠3-4枚。
幼果密被贴伏柔毛。
花期6-7月，果期8-9月。
