变根紫堇，直立或上升灰绿色草本，高10-30厘米。
当年生主根圆柱形，老时中部或上部呈纺锤形或近球形增粗，下部呈鼠尾状存留，有时并生少数须根，上部常具单生的短而细的根茎。
茎常近基部多分枝，具叶。
基生叶长约6厘米，具长柄；
叶片上面绿色，下面灰绿色，约长1.5-2.5厘米，宽1.2-1.5厘米，二回三出，一回羽片具短柄，二回羽片近无柄，三深裂，裂片倒卵状长圆形，顶生裂片常三浅裂。
茎生叶与基生叶同形，但叶柄基部具膜质的耳状突起。
总状花序生茎和枝的顶端，密集多花，后期渐疏离，常具较长的花序轴。
下部苞片长约6-10毫米，常具柄，三裂至多裂，上部的较小，3-5裂。
花梗纤细，长约6毫米，果期伸长达1厘米。
花淡紫色至粉红色，近平展。
萼片小，白色，边缘具狭而长的流苏状裂片。
外花瓣圆钝，近具短尖，背部具陡峭的鸡冠状突起，常不达顶端。
上花瓣长1.5-1.7厘米；
距圆筒形，中部以后稍变狭，约占花瓣全长的1/2；
蜜腺体短，棒状，约贯穿距长的1/5。
下花瓣长约9毫米，瓣片近爪稍变狭；
爪较宽展。
内花瓣长约8毫米，具鸡冠状突起；
爪倒楔形。
雄蕊束卵状披针形，上部渐狭成线形。
柱头扁四方形，两侧基部下延，顶端2裂，具8乳突。
蒴果披针形，约长1厘米，宽4毫米，具2列种子和长约4毫米的花柱。
种子近圆形，直径约1毫米，具小的种阜。
