阿敦紫堇，多年生草本，高5-8厘米。
须根多数成簇，纺锤状肉质增粗，长0.5-3厘米，粗达5毫米，具少数纤细状细根，有长0.7-1.5厘米的柄。
茎1-3条，柔弱，不分枝，上部具叶，下部裸露，基部线形。
基生叶1-2枚，叶柄柔弱，长2-6厘米，叶片轮廓宽卵形，长1-1.5厘米，一回奇数羽状分裂，裂片2-3对，线状披针形，长0.5-1厘米，通常全缘，表面绿色，背面具小刺毛；
茎生叶约2枚，近对生于茎上部近花序下，几无柄，叶片与基生叶近相同，裂片披针形或线形，长0.7-1.5厘米。
总状花序顶生，长1.5-3厘米，有6-10花；
苞片下部者倒卵形，扇状5-7深裂，裂片线形至披针形，中部者3浅裂，最上部者倒披针形，浅裂或有时全缘；
花梗与苞片近等长。
萼片鳞片状，直径约1毫米，边缘具细牙齿；
花瓣天蓝色，有时黄绿色，上花瓣长1.5-1.7厘米，花瓣片舟状卵形，背部具高1-1.5毫米的鸡冠状突起，距圆筒形，平伸，稍长于花瓣片，末端略下弯，下花瓣舟状倒卵形，长7-9毫米，背部具鸡冠状突起，内花瓣提琴形，长6-7毫米；
雄蕊束长5-6毫米，花药长圆形，花丝披针形，蜜腺体贯穿距的3/5;子房圆柱状线形，长约2毫米，具1列胚珠，花柱比子房长，先端弯曲，柱头双卵形，上端具2乳突。
蒴果狭椭圆形，长4-7毫米，具3-6枚种子。
种子近圆形，直径约1毫米；
种阜小。
花果期6-8月。
