囊距紫堇,主根肉质,黄色,长3-6厘米,常分枝。
茎长15-30厘米,地下部分约占1/3,具2-4鳞片,地上部分具3-4叶,分枝。
叶三出,具长柄,基部具鞘,小叶卵圆形至倒卵圆形,肉质,上面绿色,下面苍白色,顶生的约长2-2.5厘米,宽1.5-2厘米,具短柄,侧生的较小,无柄。
总状花序伞房状,无明显的花序轴,具5-15花。
苞片倒卵状长圆形至倒披针形,长(1-)2-3(-4.5)厘米,宽3-7毫米,全缘,下部的有时稍分裂。
花梗较粗,长2.5-7厘米,果期弧形下弯。
花粉红色至淡紫红色,十分粗大。
萼片近圆形,直径约2毫米,具齿。
外花瓣具浅鸡冠状突起,顶端具暗蓝紫色色调和粉红色脉。
上花瓣多少弧形下弯,长1.8-2.5厘米;
距粗大,长1-1.3厘米,宽4-7毫米,囊状;
蜜腺体短,长约3毫米,末端钝而下延。
下花瓣稍向前伸出,基部具小瘤状突起。
内花瓣长8-10毫米,顶端深紫色。
柱头近四方形,宽度大于长度,顶端具4短柱状乳突。
蒴果椭圆形,长7-10毫米,宽3-5毫米,具长4毫米的花柱。