珠果黄堇，多年生灰绿色草本，高40-60厘米，具主根。
当年生和第二年生的茎常不分枝，三年以上的茎多分枝。
下部茎生叶具柄，上部的近无柄，叶片长约15厘米，狭长圆形，二回羽状全裂，一回羽片约5-7对，下部的较疏离，上部的较密集，二回羽片约2-4对，卵状椭圆形，上面绿色，下面苍白色，约长1-1.5厘米，宽5-8毫米，羽状深裂，裂片线形至披针形，具短尖。
总状花序生茎和腋生枝的顶端，密具多花，长约5-10厘米，待下部的花结果时，上部的花渐疏离，可长达19厘米。
苞片披针形至菱状披针形，具细长的顶端，约与花梗等长或稍长，有时从中部至顶端疏具锯齿。
花梗长约7毫米，果期下弯。
花金黄色，近平展或稍俯垂。
萼片小，近圆形，中央着生，直径约1毫米，具疏齿。
外花瓣较宽展，通常渐尖，近具短尖，有时顶端近于微凹，无鸡冠状突起。
上花瓣长2-2.2厘米；
距约占花瓣全长的1/3,背部平直，腹部下垂，末端囊状；
蜜腺体约占距长的1/2，末端钩状弯曲。
下花瓣长约1.5厘米，基部多少具小瘤状突起。
内花瓣长约1.3厘米，顶端微凹，具短尖和粗厚的鸡冠状突起。
雄蕊束披针形，较狭。
柱头呈二臂状横向伸出，各枝顶端具3乳突。
蒴果线形，长约3厘米，俯垂，念珠状，具1列种子。
种子黑亮，扁压，直径约2毫米，边缘具密集的小点状印痕；
种阜杯状，紧贴种子。
