小株紫堇，多年生小草本，高4-15厘米。
须根多数成簇，纤维状。
根茎短，具鳞茎；
鳞片数枚，长三角形，长1.8-2.2厘米，宽6-7毫米，外部者膜质，内部者肉质。
茎纤细，柔弱，不分枝，基部变细。
基生叶数枚，超过茎或与茎近等长，叶柄细长，叶片轮廓宽卵形，长和宽2.5-3.5厘米，二回三出分裂，第一回3全裂，顶生裂片倒卵形，具较长的柄，侧生裂片椭圆形，具短柄，第二回2-3深裂至近基部，裂片狭长圆形，先端钝；
茎生叶2-3枚，稀无，互生于茎中部或上部近花序下，下部叶具长1-2.5厘米的柄，上部叶近无柄，叶片比基生叶小，但较多裂，稍肉质，呈蓝灰色，表面具蓝色小点。
总状花序顶生，长约1厘米，有2-5花；
苞片长圆状匙形，全缘，具蓝色小点，有时下部苞片同上部茎生叶；
花梗纤细，与苞片近等长，果时延长达1.5厘米，超过苞片。
萼片鳞片状，直径约0.5毫米；
花瓣紫红色，上花瓣长1.2-1.5厘米，花瓣片舟状卵形，先端钝，背部具极矮的鸡冠状突起，距圆筒形，纤细，与花瓣片近等长或稍长，略向下弯曲，下花瓣舟状匙形，长6-8毫米，爪与瓣片近等长，内花瓣提琴形，长5-7毫米，瓣片长圆形，先端圆，具1侧生囊；
雄蕊束长4.5-5.5毫米，花药小，花丝披针形，蜜腺体贯穿距的1/2；
子房狭椭圆形，长3-4毫米，具1列胚珠，花柱纤细，比子房短，柱头双卵形，先端具2个乳突，基部两侧下延。
蒴果狭椭圆形，长约1厘米，宽2-3毫米，具4-5枚种子，成熟时自果梗先端反折。
花果期6-7月前后。