鳞叶紫堇，多年生草本，高7-10.厘米。
须根多数成簇，棒状肉质增粗，下部具长的纤维状细根。
根茎短，具鳞茎；
鳞片数枚，覆瓦状排列，卵形，长1-2厘米，肉质或近肉质，干时黄白色。
茎1-2条，不分枝，上部粗壮，近基部变狭，近白色。
基生叶1枚，叶柄线形，长7-10厘米，向基部渐狭，叶片轮廓近圆形，直径2-3厘米，3全裂，侧裂片近圆形，全缘，中裂片横向长圆形，3浅裂或全缘，暗绿色，两面具多数紫色小斑点，叶脉纵向，二歧状；
茎生叶无。
总状花序顶生，长2-3厘米，密集多花；
苞片轮廓宽楔形至狭楔形，上端分裂，下部者5-7浅圆裂，中部者3浅圆裂，最上部者2浅圆裂，两面均具多数紫色小斑点；
花梗较粗壮，短于苞片。
萼片早落；
花瓣淡蓝色，上花瓣长1.6-1.8厘米，花瓣片舟状卵形，先端钝，背部具矮鸡冠状突起，距圆筒形，末端略下弯，与花瓣片近等长或稍短，下花瓣长0.8-1厘米，先端钝，背部具极矮的鸡冠状突起，中部稍缢缩，下部微呈囊状，内花瓣提琴形，长0.7-0.9厘米，花瓣片倒卵形，具1侧生囊，爪狭楔形，稍短于花瓣片；
雄蕊束长0.7-0.9毫米，花药极小，花丝披针形，蜜腺体贯穿距的2/3；
子房狭椭圆形，长3-4毫米，胚珠数枚，排成2列，花柱向上渐狭，与子房近等长，柱头双卵形，上端具2乳突。
花期6-8月。
