粗穗蛇菰，草本，高10-15厘米；
根茎色泽和形状的变异较大，黄褐色至血红色或灰白带褐色，不规则分枝，单个分枝宽0.5-2.5厘米，有时近球形，表面密生颗粒状疣瘤和带黄色的星芒状皮孔；
花茎圆柱状，连花序长3-7厘米，紫红色或淡红色，偶带灰白色；
鳞苞片多数，互生，二列，很少旋生呈覆瓦状排列，阔卵形或卵状长圆形，长1.5-3（-4）厘米，宽1.5-2.5厘米，内凹，顶端钝或微缺。
花雌雄异株（序）；
雄花序卵圆形或长圆形，长3-3.5厘米，宽1.5-3厘米；
雄花辐射对称，下面有苞片；
花被裂片4，卵形，长约2毫米，外折；
聚药雄蕊半球形，长约1毫米，花药4枚，马蹄形，斜裂。
花梗长5-7毫米；
雌花序椭圆形或圆锥状，长2-7厘米；
雌花紫红色或橙黄色，子房卵球形，长3毫米，着生于附属体基部，花柱长0.2毫米，附属体倒梨形，长约1.5毫米，顶端拱圆形。
花期8-10月。
