杯茎蛇菰，草本，高3-8厘米，部分植株高仅2厘米；
根茎淡黄褐色，直径1.5-3厘米，通常呈杯状，表面常有不规则的纵纹，密被颗粒状小疣瘤和明显淡黄色、星芒状小皮孔，顶端的裂鞘5裂，裂片近圆形或三角形，边缘啮蚀状；
花茎长1.5-3厘米，常被鳞苞片遮盖；
鳞苞片3-8枚，互生，稍肉质，阔卵形或卵圆形，长达1.2厘米。
花雌雄同株（序）；
花序卵形或卵圆形，长约1.5厘米，顶端圆形；
雄花着生于花序基部；
近辐射对称，花被4裂，裂片披针形或披针状椭圆形，长1毫米，开展，中部以上内曲，顶端锐尖；
聚药雄蕊近圆盘状，有同型、短裂的花药，药室12-16；
花梗短棒状，近四棱形，长0.8毫米，宽达0.5毫米；
雌花子房卵圆形或近圆形，直径约0.1毫米，有子房柄，着生于附属体基部；
附属体棍棒状，长0.5毫米，顶端钝，中部以下渐狭。
花期9-11月。
