日本蛇菰，草本，高5-16厘米；
根茎块茎状，直径3-9厘米，自基部分枝，分枝呈颇整齐的球形，表面有红褐色或铁锈色颗粒状小疣瘤和明显白色或带黄白色星芒状皮孔，顶端裂鞘4-5裂，裂片短三角形；
花茎粗壮，最长约7厘米，有时短，仅0.5厘米，橙红色；
鳞苞片8-14枚，疏松的覆瓦状排列，散生或交互对生，卵圆形、卵形至卵状长圆形，长约3厘米，宽2厘米，橙红色，内凹，顶端圆或钝；
雄花序未见；
雌花序椭圆状卵圆形至圆柱状卵圆形，偶卵圆形，长1.5-5厘米，直径1.2-3.5厘米，深红色，很少黄红色；
子房椭圆形，有柄，花柱丝状，比子房长2-3倍；
附属体有粗短的柄，倒卵形，顶端稍凹陷，常比雌花长，红色。
花期10-12月。
