斑叶堇菜，多年生草本，无地上茎，高3-12厘米。
根状茎通常较短而细，长4-15毫米，节密生，具数条淡褐色或近白色长根。
叶均基生，呈莲座状，叶片圆形或圆卵形，长1.2-5厘米，宽1-4.5厘米，先端圆形或钝，基部明显呈心形，边缘具平而圆的钝齿，上面暗绿色或绿色，沿叶脉有明显的白色斑纹，下面通常稍带紫红色，两面通常密被短粗毛，有时毛较稀疏或近无毛；
叶柄长短不一，长1-7厘米，上部有极狭的翅或无翅，被短粗毛或近无毛；
托叶淡绿色或苍白色，近膜质，2/3与叶柄合生，离生部分披针形，先端渐尖，边缘疏生流苏状腺齿。
花红紫色或暗紫色，下部通常色较淡，长1.2-2.2厘米；
花梗长短不等，超出于叶或较叶稍短，通常带紫红色，有短毛或近无毛，在中部有2枚线形的小苞片；
萼片通常带紫色，长圆状披针形或卵状披针形，长5-6毫米，先端尖，具狭膜质边缘并被缘毛，具3脉，基部附属物较短，长1-1.5毫米，末端截形或疏生浅齿，上面被粗短毛或无毛；
花瓣倒卵形，长7-14毫米，侧方花瓣里面基部有须毛，下方花瓣基部白色并有堇色条纹，连距长1.2-2.2厘米；
距筒状，长3-8毫米，粗或较细，末端钝，直或稍向上弯；
雄蕊的花药及药隔顶端附属物均各长约2毫米，下方2枚雄蕊的距细而长，长可达4毫米，粗约0.3毫米；
子房近球形，通常有粗短毛，或近无毛，花柱棍棒状，基部稍膝曲，向上渐增粗，柱头两侧及后方明显增厚成直伸的缘边，前方有明显的短喙，喙端具向上开口的柱头孔。
蒴果椭圆形，长约7毫米，无毛或疏生短毛；
幼果球形通常被短粗毛。
种子淡褐色，小形，长约1.5毫米，附属物短。
花期4月下旬至8月，果期6-9月。
2n=24。
