阿尔泰堇菜，多年生草本，高约4-17厘米。
根状茎具多头，细，有分枝；
地上茎极短，节间短缩，密被多数叶片。
叶片圆卵形或长圆状卵形，长12-20毫米，宽10-14毫米，先端钝圆，基部多少楔形，边缘具圆齿（每侧约5-10个），两面近无毛或疏被细毛；
叶柄通常较叶片长；
托叶卵形或长圆形，长10-26毫米，宽4-11毫米，羽状半裂或羽状深裂，顶生裂片较大，长圆状卵形，侧生裂片每边2-3个，披针形或长圆状披针形，边缘散生短毛。
花较大，直径约2-4.5厘米，通常单一，黄色或蓝紫色；
花梗长5-16厘米，无毛；
萼片长圆状披针形，长8-13毫米，宽3-4毫米，先端微尖，边缘通常疏生细齿，基部附属物较宽，常具细齿；
上方花瓣近卵圆形，侧方及下方花瓣基部具明显的紫黑色条纹，侧方花瓣里面基部通常稍有须毛，下方花瓣的距长3-4毫米，稍超出萼片的附属物，通常微向上弯曲。
蒴果长圆状卵形。
花期5-8月。
