瓦氏卷柏，土生，直立，高40-70厘米，具一横走的地下根状茎和游走茎。
根托只生于茎的下部，同游走茎一起由主茎分枝出生出，长2-6厘米，直径0.6-1毫米，根多分叉，被毛。
主茎上部分枝或自下部开始羽状分枝或不是很规则的羽状分枝，不呈“之”字形，无关节，禾秆色，不分枝的主茎高5-20厘米，主茎下部直径2-2.6毫米，茎近四棱柱形，具沟槽，无毛，维管束3条，主茎顶端不呈黑褐色，侧枝4-8对，1回羽状分枝，小枝规则，主茎上相邻分枝相距5-10厘米，分枝无毛，背腹压扁，末回分枝连叶宽3.8-6毫米。
叶 (除主茎上的外) 交互排列，二形，草质，表面光滑，边缘全缘，具白边，不分枝主茎上的叶排列稀疏略大于分枝上的，几乎一形，绿色，卵形或卵状披针形，背腹压扁，背部不呈龙骨状，边缘全缘。
主茎上的腋叶明显大于分枝上的，宽卵形到近心形，4-5毫米× 3-4.2毫米，分枝上的多少对称 (宽卵圆形，4-5毫米×3-4毫米) ，长圆状椭圆形，2.4-3.8毫米× 1.2-1.9，边缘全缘。
中叶多少对称，主茎上的略大于分枝上的，分枝上的中叶椭圆状披针形，1.0-2.6毫米×0.3-1.2毫米，紧接，背部不呈龙骨状，先端渐尖到具短芒，基部斜，边缘全缘。
侧叶不对称，分枝上的侧叶长圆状镰形，外展，紧接，2.2-3.2毫米×0.9-1.3毫米，先端急尖或近尖，近全缘，上侧边基部圆，不覆盖小枝，上侧边缘全缘，下侧基部圆形，下侧边缘全缘。
孢子叶穗紧密，四棱柱形，单生于小枝末端，6.0-20毫米×1.3-2.0毫米；
孢子叶一形，卵状披针形，边缘全缘，具白边，先端渐尖，上侧的孢子叶卵状披针形，边缘全缘，龙骨状，先端渐尖；
大孢子叶分布于孢子叶穗中部的下侧。
大孢子黄白色；
小孢子浅黄色。
