薄叶卷柏，土生，直立或近直立，基部横卧，高35-50厘米，基部有游走茎。
根托只生于主茎的中下部，自主茎分叉处下方生出，长1.5-12厘米，直径0.4-2毫米，根少分叉，被毛。
主茎自中下部羽状分枝，不呈“之”字形，无关节，禾秆色，主茎下部直径1.8-3毫米，茎卵圆柱状或近四棱柱形或具沟槽，维管束3条，主茎顶端黑褐色或不呈黑褐色，或连同上部侧枝的基部也变成黑褐色，侧枝5-8对，1回羽状分枝，或基部2回，小枝较密排列规则，主茎上相邻分枝相距2.8-5.2厘米，分枝无毛，背腹压扁，主茎在分枝部分中部连叶宽5-6毫米，末回分枝连叶宽4-5毫米。
叶 (不分枝主茎上的除外）交互排列，二形，草质，表面光滑，边缘全缘，具狭窄的白边，不分枝主茎上的叶排列稀疏，不比分之上的大，一形，绿色，卵形，背腹压扁，背部不呈龙骨状，边缘全缘。
主茎上的腋叶明显大于分枝上的，2.4-3.6毫米×1.6-2.4毫米，长圆状卵圆形，基部钝，分枝上的不对称，窄椭圆形，2.2-2.6毫米× 0.8-1.0毫米，边缘全缘。
中叶不对称，主茎上的略大于分枝上的，分枝上的中叶斜，窄椭圆形或镰形，1.8-2.4毫米× 0.8-1.2毫米，排列紧密，背部不呈龙骨状，先端渐尖或急尖，基部斜，边缘全缘。
侧叶不对称，主茎上的较侧枝上的大，分枝上的侧叶长圆状卵形或长圆形，略上升，紧接或覆瓦状，3.0-4.0毫米×1.2-1.6毫米，先端急尖或具短尖头，具微齿，上侧基部不扩大，不覆盖小枝，上侧边缘全缘，下侧基部圆形，下侧边缘全缘。
孢子叶穗紧密，四棱柱形，单生于小枝末端，5.0-10 (-20)毫米×1.4-2.8毫米；
孢子叶一形，宽卵形，边缘全缘，具白边，先端渐尖；
大孢子叶分布于孢子叶穗中部的下侧。
大孢子白色或褐色；
小孢子橘红色或淡黄色。
