双沟卷柏，土生，匍匐，长20-35厘米，无匍匐根状茎或游走茎。
根托在主茎上断续着生，自主茎分叉处下方生出，长3-12厘米，直径0.2-1毫米，根多分叉，被毛。
主茎自近基部羽状分枝，不呈“之”字形，无关节，禾秆色，主茎下部直径1.2-1.8毫米，茎近方形，具沟槽，无毛，维管束1条，主茎顶端不呈黑褐色，侧枝5-8对，1-2回羽状分枝或3回羽状分枝，分枝稀或密，主茎上相邻分枝相距6-10厘米，分枝无毛，背腹压扁，主茎在分枝部分中部连叶宽9-12毫米，末回分枝连叶宽5-8毫米。
叶全部交互排列，二形，草质，表面光滑，边缘不为全缘，略具白边，主茎上的叶接近，主茎上的叶大于分枝上的，二形，绿色，基部非盾状。
分枝上的腋叶对称，椭圆形，3.0-4.6毫米×1.1-1.6毫米，边缘具细齿或稀疏的睫毛。
中叶不对称，1.0-2.4毫米×0.6-1.5毫米，紧接或覆瓦状排列，先端具尖头或芒，先端的芒弯曲，芒长0.4-0.8毫米，基部斜楔形，边缘具稀疏睫毛。
侧叶不对称，侧枝上的侧叶长圆形，略斜升或外展或在主茎上外折下弯，相距较远，3.2-5.0毫米×1.2-2.0毫米，先端具短尖头，边缘具细齿，边缘疏具睫毛，上侧边缘基部不加大，不覆盖小枝，上侧边缘不为全缘，上侧边缘在基部和先端具睫毛或具细齿，中部全缘，下侧边缘全缘，或近全缘（仅先端具细齿），不外卷，不内卷。
孢子叶穗紧密，背腹压扁，单生于小枝末端，6.0-10毫米×3.5-5.5毫米；
孢子叶明显二形，倒置，基部下侧的孢子叶和营养叶的侧叶近似，白边不明显，上侧的孢子叶长圆状镰形，边缘具睫毛，龙骨状，先端有尖头或具芒，上侧的孢子叶具孢子叶翼，孢子叶翼不达叶尖，具睫毛，下侧的孢子叶卵状披针形或长圆状卵圆形，边缘具睫毛或撕裂状具睫毛，龙骨状或背部不呈龙骨状，基部膨大；
大孢子位于孢子叶穗基部的下侧或大、小孢子叶相间排列。
大孢子灰色或深褐色；
小孢子浅黄色。
