小笠原卷柏，石生，匍匐，直立能育茎高10-30厘米。
根托沿匍匐茎和枝断续生长，自主茎分叉处下方生出，长2-4厘米，纤细，直径0.2毫米，根少分叉，被毛。
主茎通体羽状分枝，不呈“之”字形，无关节，禾秆色，下部直径1毫米，茎圆柱状，具沟槽，无毛，维管束1条，直立能育茎自中部开始分枝，侧枝5-8对，单一到1回羽状分枝，分枝稀疏，茎上相邻分枝相距2厘米，分枝无毛，背腹压扁，茎在分枝部分中部连叶宽6-8毫米，末回分枝连叶宽3.6-4.5毫米。
叶全部交互排列，二形，膜质，表面光滑，边缘非全缘，不具白边。
分枝上的腋叶对称，卵状披针形，2.3-2.5毫米× 1.2-L4毫米，边缘具短睫毛。
中叶多少对称，主茎上的叶略大于分枝上的，卵形或卵状披针形，1.8-2.5毫米×0.8-1.0毫米，相互排列不是非常近，背部不呈龙骨状，先端与轴平行，先端具尖头到芒，基部近心形或心形，边缘具睫毛。
侧叶不对称，主茎上的较侧枝上的大，侧枝上的侧叶长圆形或长圆状卵圆形，外展，紧接或略覆盖，2.2-3.2毫米× l-1.8毫米，先端急尖。
上侧基部扩大，加宽，覆盖小枝，上侧基部边缘具睫毛，具睫毛。
孢子叶穗紧密，背腹压扁，单生于小枝末端，6.0-8.0毫米×2.6-3.3毫米；
孢子叶二形，倒置，不具白边，上侧的孢子叶卵状披针形，边缘具睫毛，背部不呈龙骨状，先端急尖，具孢子叶翼，孢子叶翼不达叶尖，边缘具睫毛，下侧的孢子叶卵状披针形，边缘具睫毛，龙骨状；
大孢子叶分布于孢子叶穗下部的下侧或上下两侧的基部。
大孢子黄白色；
小孢子红色。