毛枝卷柏，土生，直立，高45-80 (-110)厘米，具一横走的地下根状茎和游走茎。
根托只生于茎的基部，长5-7厘米，直径0.4-1.6毫米，根多分叉，被毛。
主茎自中下部状分枝，明显呈“之”字形，禾秆色，不分枝的主茎高 (5-) 10-20厘米，主茎直径2-4毫米，茎有棱，具沟槽，无毛或在分叉处被毛，维管束3条，主茎顶端不呈黑褐色，侧枝5-7对，2-3回羽状分枝，小枝较密排列规则，主茎上相邻分枝相距6-12厘米，带叶小枝背腹压扁，两面被毛，主茎在分枝部分中部连叶宽6-8毫米，末回分枝连叶宽3-5毫米。
叶交互排列 (除不分枝主茎上的叶外) ，二形 (除不分枝茎上的叶外) ，草质，表面光滑，边缘全缘，具白边，不分枝主茎上的叶排列稀疏，相距1.5-2.0厘米，较分枝上的大，一形，绿色，卵形，背腹压扁，背部不呈龙骨状，边缘全缘。
主茎上的侧叶明显大于侧枝上的，宽卵形或近圆形，3.8-4.5毫米X2.6-4.0毫米，基部钝或近心形，分枝上的腋叶对称，窄椭圆形，2.4-4.2毫米X毫米，边缘全缘，基部双耳状。
中叶不对称，主茎上的略大于分枝上的，分枝上的侧叶镰形，1.2-1.5毫米XO.4-0.6毫米，相互排列不是非常近，背部不呈龙交叉，先端急尖，基部楔形，边缘全缘。
侧叶不对称，主茎上的较侧枝上的大，分枝上的长圆形或镰形，略斜升或外展，接近，2.5-4.0毫米x0.8-1.4毫米，边缘全缘，上侧基部具三角形的耳，不覆盖小枝，下侧边基部不具耳。
孢子叶穗紧密，四棱柱形，单生于小枝末端，4.0-10毫米x1.4-3.5毫米；
孢子叶一形，宽卵形或近圆形，边缘全缘，具白边，先端急尖或渐尖，略呈龙骨状；
仅一个大孢子叶分布于孢子叶穗中部的下侧和基部的下侧，其余的均微小孢子叶。
大孢子深褐色；
小孢子浅黄色。
