海南卷柏，土生，直立，高20-45厘米，基部有游走茎。
根托只生于主茎的中下部，分枝的腋处下面生出，或有时2个根托，1个由上面生出，长 (2-) 6-10 (-24)厘米，直径0.5-1.2毫米，根少分叉，被毛。
主茎自近基部开始呈羽状分枝，不呈“之”字形，无关节，淡绿色或禾秆色，不分枝的主茎高达15厘米，主茎下部直径2-3毫米，茎卵圆柱状，具沟槽或不具沟槽，光滑，维管束1条，主茎顶端不呈黑褐色，侧枝3-7对，1-2次或1-2回羽状分枝，分枝排列稀疏且不规则，主茎上相邻分枝相距5-8厘米，分枝无毛，背腹压扁，主茎在分枝部分中部连叶宽12-16毫米，末回分枝连叶宽10-15毫米。
叶全部交互排列，二形，草质，表面光滑，边缘不为全缘，微具白边，不分枝主茎上的叶排列紧密，较分枝上的大，二形，绿色，边缘具细齿。
主茎上的腋叶较分枝上的大，卵状披针形，近心形，分枝上的腋叶对称，窄长圆形，3.0-4.0毫米×1.5-2.0毫米，边缘有细齿，基部略呈双耳状。
中叶不对称，分枝上的斜阔卵形，2.5-4.0毫米×1.6-2.6毫米，排列紧密，背部不呈龙骨状，先端渐尖或急尖，基部斜，近心形，边缘具短缘毛，不外卷，不内卷。
侧叶不对称，分枝上的长圆形，外展，4.5-7.0毫米×2.0-4.5毫米，先端具短尖头或钝，不明显具细齿，上侧边缘基部不加大，覆盖小枝，上侧边缘全缘，基部和先端具细齿，下侧边缘基部不呈耳状，下侧边缘全缘，基部和先端具微齿，微内卷。
孢子叶穗紧密，四棱柱形，单生于小枝末端，或侧生，或成对，或分叉，有时3个一起，5.0-37毫米×1.0-1.5毫米；
孢子叶一形，卵状三角形，边缘有细齿，白边不明显，先端急尖，锐龙骨状；
大、小孢子叶相间排列，或大孢子叶分布于中部或上部的下侧。
大孢子灰白色；
小孢子淡黄色。
