二歧卷柏，土生，旱生，直立，高35-75厘米，具一横走的地下根状茎和游走茎。
根托只生于茎的基部。
主茎上部近二叉分枝，不呈之字形，无关节，禾秆色，不分枝的主茎高30-50厘米，茎圆柱状，无沟槽，被毛，维管束1条，3-4回羽状分枝，带叶小枝远轴面被毛，背腹扁平。
叶（除不分枝主茎上的外）交互排列，二形，叶质厚，表面光滑，不具白边，不分枝主茎上的叶排列较疏，略大于分枝上的，一形，绿色或棕色，长圆形，紧贴，基部盾状，边缘全缘。
分枝上的腋叶对称，卵状披针形，1.0-1.7毫米X 0.2-0.7毫米.中叶不对称，分枝上的中叶卵形或镰形，0.7-1.2毫米XO.15-0.4毫米，先端与轴平行，先端渐尖，基部下延，边缘全缘，内卷。
侧叶不对称，分枝上的侧叶长圆状卵形或镰形，略斜升，1.3-1.9毫米XO.4-0.6毫米，先端急尖。
边缘全缘或近全缘，内卷。
孢子叶穗紧密，四棱柱形，单生于小枝末端，6.0-12毫米X 1.0毫米，孢子叶一形，不具白边，全缘。