耳基卷柏，土生，匍匐，分枝斜升，长50-100厘米，或更长。
根托在主茎上断续孢生，自主茎分叉处下方生出，长3-18厘米，纤细，直径0.2-0.7毫米，根多分叉，光滑。
主茎通体分枝，不呈“之”字形，无关节，禾秆色，主茎下部直径0.4-1.4毫米，茎近四棱柱形或具沟槽，无毛，维管束1条; 侧枝2-5对，2-3次分叉，分枝稀疏，匍匐主茎上相邻分枝相距4-10厘米，分枝无毛，背腹压扁，末回分枝连叶宽2.4-5.6毫米。
叶 (主茎上的除外) 交互排列，二形，相对肉质，较硬，表面光滑，边缘全缘，明显具白边，主茎上的排列较疏，主茎上的叶略大于分枝上的，一形，绿色或黄色，长圆形，斜伸，背部不皇龙骨状，夕侧基部单耳状，边缘全缘。
主茎上的腋叶明显大于分枝上的，近圆形或近心形，分枝上的腋叶对称，椭圆形或宽椭圆形，1.3-2.8毫米× 0.8-1.8毫米，边缘全缘，具白边。
中叶不对称，小枝上的卵状椭圆形，0.8-1.6毫米× 0.3-1毫米，覆瓦状排列，背部不呈龙骨状，先端交叉，先端具长尖头，外侧基部单耳状，边缘全缘。
侧叶不对称，主茎上的较侧枝上的大，侧枝上的侧叶卵状披针形或长圆形，外展，相距较近或紧接，1.5-3毫米×0.8-1.6毫米，先端急尖全缘，上侧边基部圆，不覆盖小枝，上侧边缘全缘，基部下侧略膨大，下侧基部全缘。
孢子叶穗紧密，四棱柱形，单生于小枝末端，5.0-12毫米×1.8-3.3毫米; 孢子叶一形，卵形，边缘全缘，具白边，先端渐尖，龙骨状; 大、小孢子叶在孢子叶穗上相间排列，或仅在下侧基部或中部有一个大孢子叶，其余均为小孢子。
大孢子深褐色; 小孢子浅黄色。
