兖州卷柏，石生，早生，直立，高15-35 (-65)厘米，具一横走的地下根状茎和游走茎，其上生鳞片状淡黄色的叶。
根托只生于匍匐的根状茎和游走茎，长0.5-1.5厘米，纤细，直径0.1-0.2毫米，根少分叉，被毛。
主茎自中部向上羽状分枝，不呈之字形，无关节，禾秆色，不分枝的主茎高5-25厘米，主茎下部直径1-1.5毫米，茎圆柱状，不具纵沟，光滑无毛，内具维管束1条，茎从中部开始分枝，侧枝7-12对，2-3回羽状分枝，小枝较密排列规则，主茎上相邻分枝相距1.5-4.5厘米，分枝无毛，背腹压扁，主茎在分枝部分中部连叶宽4-6毫米，末回分枝连叶宽2-3毫米。
叶（除不分枝的主茎上的外）交互排列，二形，纸质或多少较厚，表面光滑，边缘不为全缘，不具白边，不分枝主茎上的叶不大于分枝上的，略一形，绿色，在主茎基部与横走根状茎上为黄色，长圆状卵形或卵形，鞘状，背部不呈龙骨状或略呈龙骨状，边缘有细齿。
主茎上的腋叶不明显大于侧枝上的，三角形，平截，分枝上的腋叶对称，卵圆形到三角形，1.1-1.6毫米×0.4-1.1毫米，边缘有细齿。
中叶多少对称，主茎上的大于分枝上的，边缘有细齿，先端具芒或尖头，基部平截或斜或一侧有耳，（基部有簇状睫毛），分枝上的中叶卵状三角形或卵状椭圆形，0.6-1.2毫米×0.2-0.5毫米，覆瓦状排列，背部略呈龙骨状，先端与轴平行，具长尖头或短芒，基部楔形，边缘具细齿。
侧叶不对称，主茎上的明显大于分枝上的（气孔分布于远轴面靠近叶脉处），分枝上的侧叶卵圆形到三角形，略斜升，排列紧密或相互覆盖，1.4-2.4毫米×0.4-1.4毫米，先端稍尖或具短尖头，边缘具细齿，基部上侧扩大，加宽，覆盖小枝，上侧基部边缘不为全缘，透明，具细齿，下侧基部圆形，下侧边缘全缘。
孢子叶穗紧密，四棱柱形，单生于小枝末端，5.0-15毫米× 1.0-1.4毫米；
孢子叶一形，卵状三角形，边缘具细齿，不具白边，先端渐尖，锐龙骨状；
大、小孢子叶相间排列，或大孢子叶位于中部的下侧。
大孢子白色或褐色；
小孢子橘黄色。
