高山玄参，矮小草本，高达25厘米；
根状茎伸长，后呈条状撕裂，木质化。
茎多数丛生，多少弯曲向上，中空，基部节上具苞片状鳞叶。
叶柄长达3-4毫米，具狭翅；
叶片卵形至椭圆状卵形，长达35毫米，基部宽楔形至近圆形，边缘有粗而不规则的亚重锯齿，无毛。
花序近头状或稍稍伸长，长达2厘米，聚伞花序常退化为单花；
花萼长约3毫米，深裂，裂片多少不相等，近卵形至近矩圆形，顶端钝至截头，或有小裂齿2-3枚，下部侧缘亦常有一二小齿；
花冠长7-9毫米，黄色，上唇长于下唇1-2毫米，裂片边缘不重叠，下唇3裂片很不相等，中裂片较小，花冠筒长4-5毫米，稍膨大而略成球形；
雄蕊约与下唇等长，退化雄蕊狭长或顶端略呈半月形；
子房长约2毫米，花柱较子房长1倍或更多。
蒴果近球形，直径6-7毫米。
花期7-9月，果期9月。
