耳叶南芥，一年生草本，高5-36厘米，全株密生单毛、2-3叉毛、星状毛及分枝毛，在毛的顶端或分叉处常有透明腺点。
主根圆锥状，有须根。
茎直立或倾斜，分枝或不分枝。
基生叶椭圆形，长约1.5厘米，宽约5毫米，顶端渐尖，全缘或具疏锯齿；
叶柄长约4毫米；
茎生叶贴茎，叶片卵状长椭圆形，长1-1.5厘米，宽约7毫米，基部呈耳状，钝形，略抱茎。
总状花序顶生，结果期呈膝状弯曲，有花5-15朵；
萼片狭卵形，长1.5-3毫米，无毛；
花瓣白色，倒卵形，长2-3.5毫米，基部呈长爪；
花柱短，柱头头状。
长角果线形，长1.5-3厘米，宽约1毫米，斜伸展，果瓣具明显中脉；
果梗粗短，长约3毫米。
种子每室1行，约30粒，种子椭圆形，长约0.5毫米，淡黄色，具翅。
花、果期4-6月。
