黑蕊虎耳草，多年生草本，高3.5-22厘米。
根状茎短。
叶均基生，具柄，叶片卵形、菱状卵形、阔卵形、狭卵形至长圆形，长0.8-4厘米，宽0.7-1.9厘米，先端急尖或稍钝，边缘具圆齿状锯齿和腺睫毛，或无毛，基部楔形，稀心形，两面疏生柔毛或无毛；
叶柄长0.7-3.6厘米，疏生柔毛。
花葶被卷曲腺柔毛；
苞叶卵形、椭圆形至长圆形，长5-15毫米，宽1.1-11毫米，先端急尖，全缘或具齿，基部楔形，稀宽楔形，两面无毛或疏生柔毛。
聚伞花序伞房状，长1.5-8.5厘米，具2-17花；
稀单花；
萼片在花期开展或反曲，三角状卵形至狭卵形。
长2.9-6.5毫米，宽1.2-3毫米，先端钝或渐尖，无毛或疏生柔毛，具3-8脉，脉于先端汇合成1疣点；
花瓣白色，稀红色至紫红色，基部具2黄色斑点，或基部红色至紫红色，阔卵形、卵形至椭圆形，长3-6.1毫米，宽2.1-5毫米，先端钝或微凹，基部狭缩成长0.5-1毫米之爪，3-9（-14）脉；
雄蕊长2.2-5.5毫米，花药黑色，花丝钻形；
花盘环形；
2心皮黑紫色，中下部合生；
子房阔卵球形，长2.8-4毫米，花柱2，长0.5-3毫米。
花果期7-9月。
