短喙马先蒿，低矮多年生草本，干时变黑，高3.5-12厘米。
根茎变粗，垂直入地，长可达8厘米，基部生有肉质纺锤形之侧根，长亦可达8厘米，上方常分为数枝，根颈部生有披针形鳞片。
茎单条，不分枝。
叶基出者少数，仅1-4枚，有长柄，柄长达2-6厘米，茎叶1-3枚，均为线状披针形，长2-3厘米，宽2.5-5毫米，羽状浅裂，裂片12-25对，卵状披针形，长1-2毫米，宽1毫米，有波状之齿。
花少数，以2-5朵合成总状花序，有明显之梗，苞片叶状，长16毫米，宽3毫米，有短柄，具波齿；
萼作多少膨撇的钟形，革质，全无毛，长13毫米，前方略略开裂，具5齿，齿披针形，相等，后方1枚亚全缘，其余膨大有齿；
花冠紫红，管长16-18毫米，喉稍扩大，盔略膨大，向前弓曲，直立部分与管等粗，长约6.5毫米，含有雄蕊的部分镰形，长约6毫米，宽4毫米，前方相当突然地狭缩成为几乎向前平伸的喙，喙长3.5毫米，端截头而有细裂，下唇宽16毫米，3裂，裂片圆形，有波齿，侧方者较中间者大一半；
雄蕊着生于子房顶与管端的中问，花丝两对均顶端有毛；
柱头伸出。
蒴果披针形，歪斜，锐尖头，长20毫米，宽7.5毫米；
种子少数，狭椭圆形，种皮近乎黑色，几无网脉，长2.5毫米，宽0.75毫米。
花期6-8月。