变色马先蒿，多年生草本，丛生，高不达15厘米。
根单条，伸长，稍稍变粗，不分枝。
茎多数，铺散或直立，不分枝，有毛。
叶茎生与基生，相似，互生，有长柄，长达6.5厘米，其中柄长达2.5厘米，微有翅，有细毛；
叶片长圆状卵形或长圆形，长达4厘米，宽1.4厘米，两面均有粗毛，羽状全裂，裂片每边9-12枚，卵形，长达4毫米，钝头，有锯齿，基部宽而延下。
花几无梗，下部者腋生，疏散，上部者多数密生；
苞片叶状有柄，羽状全裂；
萼钟形，长7-9毫米，上方极宽，宽达6毫米，膜质，有疏长毛，无网脉，前方开裂，齿2枚，不相等，后方1枚较小，卵形，全缘或几全缘，侧齿有短柄，卵形，有深缺刻状锯齿；
花冠除紫色之盔外均带白色，管圆筒形，长3.5-4.5厘米，宽约1毫米，直立，亚无毛或有疏毛，不扩大，盔强烈扭旋，有腺毛，有长而不显著的鸡冠状凸起，伸出为同色的喙，后者长9 10毫米，显然作S形，端全缘，下唇宽约18-19毫米，长8-9毫米，缘有细毛，深3裂，裂片极不相等，中裂较小很多，截头或圆头，侧裂圆形，全缘，偶然2裂；
雄蕊着生于管端，前方1对花丝端有疏毛，下方无毛，药卵圆形；
花柱略伸出。
蒴果未见。
花期8月。
