鞭根马先蒿，多年生草本，干时变黑。
鞭状根茎细长，连接于接近地面的根颈之上，后者密生须状根，深入地下的粗根茎未见。
茎单出，高达45厘米，直立坚挺，中空，外面有沟纹，生叶很多。
叶基生者与近基者早枯，无柄，基部耳形，线状长圆形，长7-10厘米，宽1.5-2厘米，羽状全裂，轴有翅，裂片15-25对，疏远，长6-7毫米，宽4-6毫米，卵状长圆形，锐头，有具凸尖的齿。
花序稠密伸直；
苞片线状长圆形，锐头，顶部有锯齿，在下部者较花为长，近顶部者较萼为短；
花有短梗长2-3毫米；
萼膜质有粗毛，钟形，长16毫米，宽5毫米，具5齿，齿后方一枚三角形全缘，其余披针形，有重锯齿；
花冠之管长17毫米，稍稍长过于萼，下唇倒卵形，基部楔形，多少狭成柄状，前方三裂，长10毫米，宽6毫米，裂片边缘有毛，披针形，等大，中裂两侧后方有通向花喉的褶襞两条，盔舟形，直立部分长5毫米，宽3毫米，与花管成直线，含有雄蕊的部分指向前上方，下缘稍稍圆弓，无须毛，背部很弓曲，有疏毛，长8毫米，宽5毫米，前端无凸尖；
雄蕊着生于管的中部，花丝两对均无毛；
子房卵圆形，柱头稍稍伸出。
花期7月。