西南马先蒿，多年生草本，具有根茎，长达10余厘米，生有须状侧根。
茎多数，常数条成丛，有时两丛从根茎发出而远距，弯曲而多分枝，常偃卧而后上升，被毛。
叶互生或亚对生，长圆形，具长5-10毫米而密生白色长毛的叶柄；
叶片羽状深裂，有时全裂，长2-4.5厘米，两面均被毛，上面毛较细而短，背面毛较长，常有白色肤屑状或糠粃状物，裂片5-8对，常裂至中肋的一半以上，卵状披针形至三角状卵形。
自身再作羽状半裂或具有缺刻状重锯齿。
花序亚头状，长2.5-3厘米。
生于茎枝之端；
花梗细长，被有长毛，长5-6毫米；
苞片叶状，短于花；
萼长10-12毫米，前方开裂约至半长，脉上密生长柔毛，齿5枚。
后方1枚最小而线形，或5枚几相等，团扇形而有锯齿；
花冠紫红色，长2.5-3厘米，花管长15毫米，长于萼管，无毛，中部略略向前弓曲，近端处多少扩大，下唇广过于长，长10毫米，宽则达14毫米，基部丰满。
作心脏形，侧裂肾脏形，中裂宽卵形圆头，其基部两侧有两条褶襞通至喉部，盔基部直立，长5-6毫米，几以直角向前方作膝盖状屈曲而成为含有雄蕊的部分。
长约6毫米，背线平，额部高凸，额下突然细缩成为长3毫米而指向前下方的喙，其脉纹显著向左扭旋；
雄蕊花丝着生花管基部。
两对均有长毛；
柱头自喙端伸出。
蒴果狭卵形而斜，长11毫米，宽5毫米，大部为宿萼所包，腹线几伸直，背线弓曲，两室不等，有向下的凸尖；
种子很似前一种。
花期7-9月。
