云南水竹叶，多年生草本，具横走根状茎。
茎匍匐，节上生根或上升，长5-20厘米，常分枝，生一列多细胞柔毛。
叶无柄，无毛。
下部的椭圆形，顶端急尖，长2-4厘米，宽7-13毫米，茎上部的较短，顶端的卵形，长仅1厘米；
叶鞘短，长2-4毫米，密生一列多细胞柔毛。
花1-3朵簇生于叶腋，花梗细长，长达3厘米，果期挺直或稍弯曲，近基部有一个透明的膜质鞘，中部有一个节；
萼片长卵形，长3.5毫米；
花瓣蓝色或淡红色，圆形，长5毫米；
能育雄蕊3枚，对萼，花丝疏生红色念珠状长毛，退化雄蕊3枚，无毛，顶端不裂，卵圆状戟形。
蒴果卵状椭圆形，长4-5毫米，直径2毫米，每室有种子4颗。
种子单列，灰色。