新疆百脉根，多年生草本，高10-35厘米，无毛或上部茎叶略被柔毛。
茎基部多分枝，直立或上升，中空，节间短，叶茂盛。
羽状复叶有小叶5枚；
叶轴长4-6毫米；
顶端3小叶倒卵形至倒卵状椭圆形，长7-13毫米，宽4-6毫米，先端钝圆，基部楔形，下端2小叶斜卵形，锐尖头，两面近无毛，纸质；
小叶柄短，无毛。
伞形花序；
总花梗纤细，长2-5厘米；
花1-2 (-3) 朵，长8-11毫米；
花梗短；
苞片3枚，叶状，或为5枚小叶片，生于花梗基部，与萼等长；
萼钟形，长5-6毫米，宽4毫米，无毛或被稀疏柔毛，萼齿丝状，长于萼筒；
花冠橙黄色，具红色斑纹，旗瓣阔倒卵形，下延至瓣柄，与冀瓣、龙骨瓣近等长，翼瓣长圆形，具细瓣柄，龙骨瓣卵状三角形，先端呈尖喙状，中部以下弯曲；
花柱直，子房线形，胚珠30-35粒。
荚果圆柱形，长2-3厘米，径2-3毫米。
花期5-8月，果期7-10月。
