小花黄堇，灰绿色丛生草本，高30-50厘米，具主根。
茎具棱，分枝，具叶，枝条花葶状，对叶生。
基生叶具长柄，常早枯萎。
茎生叶具短柄，叶片三角形，上面绿色，下面灰白色，二回羽状全裂，一回羽片约3-4对，具短柄，二回羽片1-2对，卵圆形至宽卵圆形，约长2厘米，宽1.5厘米，通常二回三深裂，末回裂片圆钝，近具短尖。
总状花序长3-10厘米，密具多花，后渐疏离。
苞片披针形至钻形，渐尖至具短尖，约与花梗等长。
花梗长3-5毫米。
花黄色至淡黄色。
萼片小，卵圆形，早落。
外花瓣不宽展，无鸡冠状突起，顶端通常近圆，具宽短尖，有时近下凹，有时具较长的短尖。
上花瓣长约6-7毫米；
距短囊状，约占花瓣全长的1/5-1/6；
蜜腺体约占距长的1/2。
子房线形，近扭曲，约与花柱等长；
柱头宽浅，具4乳突，顶生2枚呈广角状叉分，侧生的先下弯再弧形上升。
蒴果线形，具1列种子。
种子黑亮，近肾形，具短刺状突起，种阜三角形。
