短轴黄堇，灰绿色丛生草本，高约25厘米，具主根和多茎。
茎分枝，具叶，花枝极短，对叶生。
基生叶长约10厘米；
叶柄稍长于叶片，基部多少鞘状；
叶片卵圆状披针形，上面绿色，下面苍白色，二回羽状全裂，一回羽片约3对，具短柄，二回羽片约三枚，顶生的较大，约长1.2厘米，宽8毫米，具短柄，二回三深裂，侧生的较小，近无柄，三深裂，顶生裂片三裂，侧生裂片2-3裂，有时不分裂，末回裂片披针形，约长3-5毫米，宽2毫米。
茎生叶与基生叶同形，但叶柄基部不具鞘。
总状花序长约1厘米，具3-5花，伞房状，具极短的花序轴，明显低于叶。
苞片卵圆形至披针形，长约3-4毫米。
花梗长2-4毫米。
花淡黄色，先直立，后平展。
萼片卵圆形，长约1毫米，早落。
外花渐尖，无鸡冠状突起。
上花瓣长约1.2厘米；
距短囊状，约占花瓣全长的1/4；
蜜腺体约占距长的1/2。
下花瓣上约9毫米，向后渐狭。
内花瓣长约8毫米，具鸡冠状突起，爪稍长于瓣片。
雄蕊束披针形。
柱头横向伸出2臂，各枝顶端具2-3乳突。
蒴果线形，长1.5-2厘米，宽约2毫米，下垂，具1列种子。
种子黑亮，直径约1.5毫米，具杯状种阜，表面具小凹点。