药山紫堇，一年生草本，丛生，高15-30厘米。
根细，数条，具多数纤维状侧根；
根茎短，具残枯的叶基。
茎近直立或外倾，具棱，有分枝和疏生叶。
基生叶少数，叶柄长5-8厘米，基部扩大成宽鞘，叶片轮廓宽卵形至近圆形，长2-3厘米，宽2-2.5厘米，二回三出全裂，第一回裂片具柄，中裂片的柄2-3倍于侧裂片的柄，第二回全裂片具短柄或无柄，3-5深裂或浅裂，中裂片再次3裂，小裂片近圆形或宽倒卵形至倒披针形，先端具短尖，表面绿色，背面灰绿色；
茎生叶少，疏生，与基生叶同形，但向上叶片渐小和叶柄渐短。
总状花序生于茎和分枝顶端，长2-3厘米，少花密集；
苞片下部者同上部茎生叶，中部以上者7-3深裂，裂片条形；
花梗纤细，劲直，稍短于苞片，花后常螺旋状扭转。
萼片小，鳞片状，边缘流苏状撕裂；
花冠乳白至淡黄色，上花瓣长1.2-1.5厘米，花瓣片舟状宽卵形，先端急尖，背部近无鸡冠状突起，距圆筒形，稍长于花瓣片，自中部向下弧曲，末端圆，下花瓣舟状宽卵形，长0.6-0.8厘米，背部无鸡冠状突起，下部浅囊状，内花瓣提琴形，长0.5-0.7厘米，花瓣片倒卵状，爪线状披针形；
雄蕊束长5-7毫米，花丝下部宽椭圆形，上部1/4线形，蜜腺体贯穿距的1/2，先端增粗；
子房狭椭圆形，长约3毫米，花柱纤细，与子房近等长，柱头双卵形，具8个乳突。
蒴果长圆形，长1-1.2厘米，粗约0.2厘米，具9-15枚种子，排成2列。
种子近球形，直径约1毫米，黑色，具光泽，种阜小。
花果期5-9月。
