滇短萼齿木的花期为3-6月，果期为4-12月。
疏毛短萼齿木与滇短萼齿木的不同在于叶上面不粗糙，无毛或近无毛，叶下面疏被微硬毛或近无毛，毛在脉上较密。
滇短萼齿木的聚伞花序通常有5-10朵花，稍稠密。
滇短萼齿木的浆果球形，直径约8毫米，红色，密被短硬毛，顶部有宿存的萼檐。