玉山当归，多年生草本，高1-2米。
茎粗壮，无毛或有短毛。
叶二回羽状分裂，叶柄长25厘米，叶片轮廓近三角形，长至25厘米，宽至30厘米，一回裂片柄长至6厘米，末回裂片长圆形，长约7厘米，宽约3厘米，柄长5毫米，顶生的裂片常3裂，上表面绿色，无毛，下表面粉绿色，沿叶脉有短毛；
茎下部叶的叶柄膨大成兜状叶鞘；
茎上部叶简化成长圆形叶鞘。
复伞形花序；
伞辐35-50；
总苞1至数片，长线形，长约1.5厘米，常早落；
小伞形花序有花30余；
小总苞片7-12，线形；
无萼齿；
花瓣白色，长圆形，顶端尖，内曲；
花柱基扁平，全缘。
果实卵形，长5毫米，宽3.5毫米，顶端圆，基部心形，背棱丝状，侧棱宽翅状，棱槽内有油管1，合生面油管2。
胚乳腹面平直。