木里变种分布于四川西南部，生于海拔2900-3100米的草坡及松林下。
6月
灰岩黄芩的茎直立，高15-20（25）厘米，四棱形，具四槽，具条纹，下部粗约2毫米，密被平展白色具节疏柔毛。
灰岩黄芩的花序顶生，长4.5-8厘米，总状花序，花对生，花梗长约3毫米，与序轴密被平展具节疏柔毛。