木里变种与原变种不同在于茎节较多，叶宽卵圆形至长圆状卵圆形，茎中部者不特别大，长2-2.5厘米，宽1.1-1.5厘米，花较小，长2-2.5厘米。
灰岩黄芩的花序顶生，长4.5-8厘米，总状花序，花对生，花梗长约3毫米，与序轴密被平展具节疏柔毛。
灰岩黄芩的雄蕊有4个，二强；花丝扁平，下部被小纤毛。
灰岩黄芩的学名是Scutellaria forrestii Diels。