小花玄参，细弱小草本，有时3厘米即开花，高者可达20厘米。
根状茎细长，常有球形、直径达5毫米的小结节。
茎直立或多少弯曲上升，有疏毛。
叶片卵形、三角状卵形、少有矩圆状卵形，基部楔形至近截形，边缘有不规则大钝齿，上面疏生压平之白毛，下面脉上有疏毛。
花序顶生，狭圆锥状而疏，聚伞花序对生，多具3花，总梗细长，长者达17毫米，花梗长仅2毫米余，有短腺毛；
花细小，花萼多少成盔状，长仅1毫米，裂片三角状卵形；
花冠长约2毫米，绿色而喉部带褐色，花冠筒球形，上唇裂片宽圆，相邻边缘互不重叠，下唇显著短于上唇，裂片甚小于上唇裂片；
雄蕊不伸出，惟因下唇裂片外反而微微显露，退化雄蕊近圆形至肾形；
子房长约0.7毫米，具约略等长的花柱。
蒴果尖卵形，长4-5毫米。
花果期6-7月。
