南川鼠尾草的花期是7-8月。
南川鼠尾草的花序为轮伞花序，2-6花，组成顶生或腋生长6-15厘米的总状花序，植株上部往往组成长达25厘米的总状圆锥花序。
紫红色
南川鼠尾草的花冠紫红色，长0.9-3厘米，长筒形，二唇形，上唇长圆形，下唇三裂。