南川鼠尾草的花序为轮伞花序，2-6花，组成顶生或腋生长6-15厘米的总状花序，植株上部往往组成长达25厘米的总状圆锥花序。
南川鼠尾草有两种变型：原变型 f. nanchuanensis 和居间变型 f. intermedia。
南川鼠尾草的花冠紫红色，长0.9-3厘米，长筒形，二唇形，上唇长圆形，下唇三裂。
南川鼠尾草的茎直立，高20-65厘米，单生或少数丛生，不分枝，钝四稜形，具沟，密被平展白色长绵毛。